Mikrovalne pećnice pomoću dijela koji se zove magnetron zrače specifičan tip elektromagnetnog zračenja: mikrovalne talase. Ovo zračenje djeluje na molekule vode, masti i šećere unutar hrane i uzrokuje njihovo vibriranje, zauzvrat povećavajući kinetičku energiju molekula. Time se stvara toplota.

Iako se samo iz naziva ovih pećnica može zaključiti da ne koriste nejonizirajuće zračenje, koje nema dovoljno energije da razbije hemijske veze ili ošteti DNK u ćelijama, postoji mnogo mitova i legendi oko njihove upotrebe. No, neosporna je činjenica da mikrovalne ne mogu uzrokovati mutacije, rak ili bilo kakva oboljenja.

Jedan od najčešćih mitova jest da mikrovalne uništavaju hranjive tvari u hrani. Istina je da se hranjive tvari gube tokom ne samo korištenja mikrovalne, već i svake vrste kuhanja, ali mikrovalne često zadržavaju više hranjivih tvari nego tradicionalne metode kuhanja. Razlog leži u kraćem vremenu kuhanja i manjoj potrebi za vodom, što smanjuje gubitak topljivih vitamina poput vitamina C i B-kompleksa.

Naprimjer, brojni naučni radovi su pokazali da povrće kuhano u mikrovalnoj pećnici zadržava više vitamina nego ono kuhano na pari ili u vodi.

Još jedan mit jest da mikrovalne pećnice "propuštaju" štetno zračenje. Mikrovalne, iako ne emituju jonizirajuće zračenje, su ipak dizajnirane s više sigurnosnih mehanizama, kao što su metalne mrežice unutar vrata, koje sprječavaju izlazak zračenja. Ako je uređaj ispravan, ne postoji opasnost za korisnika. Neki vjeruju da mikrovalne mijenjaju hemijsku strukturu hrane na način koji je štetan. Međutim, mikrovalne induciraju samo promjene toplote, kao i svaka druga metoda kuhanja. One ne čine hranu "radioaktivnom" niti mijenjaju njenu prirodu, ukus, ili sastav.

Naučna istraživanja potvrđuju da mikrovalne ne predstavljaju opasnost za zdravlje i da čak mogu pomoći u očuvanju hranjivih tvari u hrani. Umjesto da ih izbjegavamo, trebamo ih koristiti i gledati kao efikasan način za štednju vremena u kuhinji.